El trabajo de Juan Margolles explora las ciudades como un espacio de reflexión para referirse al ciudadano contemporáneo y su relación con el entorno.  

Sus proyectos fotográficos analizan la presencia de elementos naturales en un contexto urbano, para reflexionar sobre cómo el desarrollo contemporáneo determina la manera de habitar las ciudades, modifica los patrones sociales y determina nuestra relación con la naturaleza.

Su obra ha sido expuesta en Museo de Ilustración y Modernidad MuVIM-Valencia (cat.), Museo de Arte Contemporáneo Vojvodina (cat.) Novi Sad, Serbia (cat.), Museo de Bellas Artes Faustino Jorge Bonadeo, Argentina (cat.) , La Casa Encendida Madrid (cat.), Espacio de Creación (ECCO) Cádiz, Galería Luis Adelantado Valencia, Haskoy Yun Iplik Fabrikasi Estambul (cat.), Galería Matèria Roma y Spazio Nea Nápoles.

Sus proyectos fotográficos han sido premiados con la beca VEGAP y Generaciónes-Caja Madrid. Premio Full Contact y Art Photo Bcn. Margolles ha sido nominada al mejor Libro Fotográfico del Año Phoroespaña, Plat(t)form Winterthur Fotomuseum y seleccionada en la Convocatoria Joven Artista Galería Luis Adelantado, por Soivereign European Art Prize y Premio Internacional de Arte Obra Abierta-Caja Extremadura y Bienal Nacional de Arte Joven Rep. Argentina.

Ha participado en el Festival Internacional de Arte Scan, Encontros da Imagem, Art Photo Bcn, Bienal Fotonoviembre y Photoespaña.